Камалутдин Ахмедов родился в городе Махачкала.

Заниматься футболом начинал в родном Дагестане, в спортшколе «Анжи». Когда Камалутдину исполнилось 11 лет, он продолжил обучение в столичном «Спартаке». Именно здесь ему было суждено начать свою профессиональную карьеру. В 2002 году был приглашён в дубль команды и, несмотря на свой довольно юный возраст (16 лет), уже тогда рассматривался тренерами красно-белых Вячеславом Грозным и Олегом Романцевым как игрок основного состава, однако до 2004 года Ахмедов не выступал за основную команду, играя в дубле.

23 мая 2004 года дебютировал в Премьер-лиге в матче против «Алании». В том же году состоялся дебют Ахмедова в Кубке России.

Помимо выступлений на всероссийской арене, Камалутдин в 2004 году сыграл за «Спартак» в четырёх (два против «Камен Инграда» (4:1) и (0:1) и два против «Вильярреала» (1:0) и (2:2)) матчах на Кубок Интертото. 

В августе того же года, вместе с Павлом Погребняком, Георгием Ломая и Александром Данишевским, Ахмедов покинул стан красно-белых и перешёл в подмосковные «Химки», которые на тот момент возглавлял бывший президент «Спартака» Андрей Червиченко.

Остаток сезона 2004 года Камалутдин провёл в подмосковных «Химках», а затем перешел в воронежский "Факел", где его довольно успешно использовали на позиции полузащитника на протяжении всего 2005 года. Камалутдин отыграл 21 матч за воронежский клуб.

В 2006 году Ахмедов перебрался во Владикавказ, в клуб «Алания» (в том году клуб носил название «Спартак»). Уже через год Камалутдин стал не только стопроцентным основным игроком клуба, но и капитаном команды. Его уверенная игра в обороне во многом помогла «Алании» занять первое место в зоне «Юг» Второго дивизиона и выйти в Первый дивизион. Последующие два сезона Ахмедов не переставал играть в стартовом составе, но его команде так и не удалось подняться выше 10-го места. В 2008 году он уступил свою капитанскую повязку более опытному Джамбуладу Базаеву, а уже в 2009 с приходом нового главного тренера совершенно неожиданно потерял место в составе.

31 августа 2009, под самый конец дозаявочной кампании, Камалутдин был заявлен за знакомые ему «Химки», выступавшие в Премьер-Лиге, но не смог помочь команде сохранить место в элите, сыграв в итоге только в 4-х матчах Первенства.

В апреле 2010 года заключил контракт с "Газовиком" из Оренбурга, выступавшим тогда во 2-ом дивизионе и провел в этой команде следующие шесть сезонов, дважды став победителем зоны "Урал-Поволжье" 2-го дивизиона. В сезоне 2015/16 г.г. "Газовик" триумфально выиграл Футбольную национальную лигу, правда вклад Ахмедова в эту победу минимален, он провел в составе оренбуржцев лишь один матч в сезоне, а после его окончания покинул "Газовик" и заключил контракт с "Тюменью".