Футболом начал заниматься в 7 лет в городе Муром Владимирской области в спортивном интернате «Железнодорожник» (тренер -  Юрий Иванович Гуреев).

Старший брат Дмитрий бывший профессиональный футболист. Игрок сборной Туркмении. В первенстве СССР выступал за ашхабадский «Копетдаг» во второй лиге. В 1992—1994 играл в высшей лиге чемпионата России за екатеринбургский «Уралмаш», а в 1995-1996 за петербургскоий «Зенит».

В юношеском возрасте отправился на просмотр в футбольную школу московского «Локомотива» и спустя полтора года стал её выпускником.

В 2003 году заключил первый взрослый контракт с клубом Премьер-Лиги  ярославским «Шинником». Два сезона Анатолий играл за дубль «Шинника», был капитаном команды.

15 мая 2005 года, в возрасте 20 лет дебютировал в составе «Шинника» в Премьер-Лиге. Случилось это в Самаре за 15 минут до конца встречи с  «Крыльями Советов» завершившейся со счетом 1:0 в пользу хозяев поля. В том же сезоне сыграл за основной состав «Шинника» ещё в 3 матчах первенства, а также в 2-х играх на Кубок России.

В зимнее трансфертное окно 2006 года перешел в «Спартак» из Костромы, выступавший во втором дивизионе. В составе костромской команды Нежелев провел  полноценный сезон сыграв 29 игр и забив 4 гола.

В начале 2007 года Анатолий Нежелев получил приглашение попробовать силы в Латвии. Клуб высшей латвийской лиги «Юрмала» пригласил на пост главного тренера российского специалиста Олега Стогова, а тот в свою очередь договорился с переходом в команду нескольких игроков из России, включая Нежелева.

Эта командировка оказалась недолгой. По окончании первого круга Стогов вернулся в Россию и возглавил волгоградский «Ротор», по тому же маршруту проследовал и Нежелев.

«Ротор» в сезоне 2007 года играл в зоне «Юг» второго дивизиона. Нежелев сыграл во втором круге практически во всех матчах команды и забил один гол. Интересно, что Анатолий несколько матчей за «Ротор» отыграл по девятым номером, а до него «девятка» была исключительно номером Олега Веретенникова.

В начале 2008 года перешел в клуб первого российского дивизиона «Салют-Энергия» (Белгород), в составе которого провел первый круг сезона, а после летнего перерыва вернулся во второй дивизион, пополнив ряды курского «Авангарда».

«Авангард» довольно успешно выступал в зоне «Центр» и если в 2008 году команде не хватило для победы в зоне всего одного очка, то на следующий год Нежелев и его партнеры успешно справились с задачей и выиграли путевку в Первый дивизион. При этом Анатолий стал настоящим любимчиком курской торсиды, а местные журналисты признали его в 2009 году лучшим игроком команды.

Несмотря на успешное выступление за «Авангард», в январе 2010 года Анатолий Нежелев неожиданно уезжает на сборы с «Химками». Такое решение сам футболист объяснил близостью Химок с Москвой и возможностью поработать под руководством Александра Федоровича Тарханова.

Партнером Нежелева по средней линии в «Химках» в этом сезоне был Михаил Канаев, а также, свой последний полноценный сезон в великолепной карьере проводил в подмосковной команде Андрей Тихонов.

Нежелев сыграл в Первом дивизионе за «Химки» в 36 матчах и забил два мяча, а по окончании сезона 2010 года вернулся в свою первую профессиональную команду, заключив контракт с "Шинником" на два с половиной года.

Интересно, что в сезоне 2010 года первые два матча в составе «Химок» Анатолий провел против своих прежних клубов «Салют-Энергии» и «Авангарда», а через год, уже в составе «Шинника», первый же свой матч провел против «Химок».

В сезонах 2011-12 и 2012-13 г.г.  Анатолий прочно занимал место в основном составе ярославской команды, сыграв за это время в ФНЛ 72 матча и забил 1 мяч.

В июне 2013 года Анатолий Нежелев в качестве свободного агента перешел в воронежский «Факел», выступающий во втором дивизионе. Первая половина сезона 2013-14 г.г. складывалась для футболиста удачно: он провел в составе «Факела» 23 матча, забил 3 мяча, 14 его передач привели к голу, 2  к назначению пенальти. Посетители сайта официального фан-клуба «Факела» 7 раз называли его лучшим игроком матчей, но в зимний перерыв обострилась  травма колена, потребовалось хирургическое вмешательство.

После операции Анатолий вынужден был пропустить учебно-тренировочные сборы и вернулся в строй только в апреле 2014 года, впрочем не надолго. Сыграв в весенней части турнира три матча, вновь попал в лазарет команды. Прогнозы врачей оказались не утешительными. Нежелев расстался с футболом до конца года.

В летнее межсезонье "Факел" достиг с Нежелевым соглашения о досрочном расторжении контракта по обоюдному соглашению сторон и Анатолий стал свободным агентом.

Первую половину текущего сезона Нежелев проходил лечение и не играл, а в зимний перерыв заключил контракт с нашей командой и уже принял участие в контрольных матчах и Кубке ФНЛ, играя на правом краю полузащиты.

Вчера в семье Анатолия Нежелева случилось огромное счастье. На свет появилась маленькая Алина Анатольевна!  Эта новость застала его при подготовке к вылету во Владивосток на матч первенства ФНЛ «Луч-Энергия» - «Тюмень», будем надеяться, что наши ребята покачают Алиночку, празднуя гол в ворота дальневосточников.

КАРЬЕРА: